Il-Knisja ta' San Mark, hija maghmula minn nava principali u minn sitt navi jew ahjar kapelli.
IL-KAPPELLA TA' L-ISPIRTU S-SANTU
Din il-kapella qieghda kif tidhol fuq ix-xellug. Il-kappella ta' l-Ispirtu s-Santu kienet l-ewwel knisja ta' San Mark. Anki wara li giet f' idejn l-Agostinjani din il-kappella kellha it-titlu ta' San Mark. Meta San Mark ma baqax it-titular ta' din il-kappella, il-patrijiet agostinjani taw titlu gdid lil din il-kappella u semmewha lill- Ispirtu s-Santu. L-ordni Agoastinjan minn dejjem kellha devozzjoni specljali lejn l-Ispirtu s Santu kif kellhu l-missier sprirtwali taghhom Santu Wistin. Il pal ta' l-istess altar juri l-migja ta' l-Ispirtu s-Santu fuq l-appostli mdawrin mal-Madonna.
Il-faccata ta' dan l-altar hija mzejna bi skultura u xi snin ilhu nduraha bid-deheb l-induratur Giavanni Pace minn Marsaxlokk, flimkien ma' l- artali l-ohrajn. Il- kwadru prezenti huwa mpitter mill-istess pittur tal-katidral Vincenzo Antonio Mannu. Ghal-dan il-kwadru ta' l-Ispirtu s-Santu, P. Marjanu MIfsud hareg is-somma ta' 50 skud, waqt li l-kunvent hareg is-somma ta' 20 skud. Jinghad ukoll, li nhar it-22 ta' Marzu 1719 Patri Nikola Farrugia hareg is-somma ta' 60 skud ghall-bini ta' l-istess kappella.
IL-KAPPELLA TA' SAN NIKOLA TA' TOLENTINO
Din il-kappella qiegdha t-tieni wahda mix-xellug. San Nikola ta' Tolentino huwa wiehed mill-qaddisin kbar ta' l-ordni agostinjan. Il-faccata ta' dan l-altar hija rikka fl-iskultura fil-gebla. Il-kwadru li hemm illum aktarx li hu t-tieni wiehed. Dan sar fl-24 ta' Jannar 1715. L-awtur tieghu huwa anonimu. Fis-seklu li ghadda dan il-kwadru qalghuh minn postu u tpogga floku wiehed gdid tal-pittur ruman, Titu Troya li kien tpitter minnu fis-sena 1899. Xi ftit tas-snin ilu, il-komunita' ddecidiet li terga' tqieghed f' postu, il-kwadru l-antik. Dan kien nhar it-23 ta' April 1985 meta l-pirjol ta' dak iz-zmien P. Evangelista Fenech laqqa' kapitlu konventwa li ghal dan l-iskop, biex jirrestewraw il-kwadru antik ta' San Nikola u jitqieghed mill-gdid flok dak ta' Troya. Ghalhekk il-kwadru ta' l-1715 irrestawrah Manwel Zammit taz-Zejtun u regghu poggewh f' postu. Bhala sotto kwadru f' din il-kappella hemm San Guzepp li hu qaddis protettur ta' l-ordni agostinjan. Din il-kapella ghandha wkoll altar ta' l-irham li kkonsagrah l-ecc. tieghu Mons. E. Galea Isqof titulari ta' Tralles fl' Asja u vigarju generali ta' l-arcidjocesi ta' Malta fi zmien il-prijurat tal-W.R. P. Salvatore Portelli. Dan l-altar fis-sena 1998 irrestawrah il-marmista Agius flimkien ma' l-altari l-ohrajn ta' l-istess knisja.
IL-KAPPELLA TA' SAN GILORMU
Din il-kappella ssemmiet ghall-qaddis protettur tal-perit li bena l-knisja gdida ta' San Mark. Il-familja Cassar kienet marbuta hafna mal-patrijiet agostinjani ta' l-Imdina. Dawn meta gew barra t-triq ghax il-Maltin fis-sena 1551 fl-assedju tat-Torok fi zmien il-granmastru D' Homedes kienu waqqghulhom il-kunvent u l-knisja taghhom li kellhom qrib is-swar ta' l-Imdina ('il boghod daqs tefa' ta' gebla), sabu l-kenn taghhom fid-dar tat-Tabib Cassar fl-Imdina. In-nutar li ghamel l-att ta' l-ghoti tal-Knisja ta' San Mark kien Brandano Cassar. Il-perit tal-knisja kien Gilormu Cassar dak li kien bena t-tmien bereg ta' l-ordni fil-Belt Valletta. Il-knisja ta' l-agostinjani ta' San Mark ta' l-Imdina hija l-proto tip tal-knisja ta' San Gwann tal-Belt Valletta.
L-arma ta' Gilormu Cassar tidher fuq il-pal ta' l-altar (il- kwadru) kif ukoll fuq il-lapida tal-qabar li kien hemm qabel dik li hemm illum. Skond l-inventarju li jinsab fil-kunvent dan il-kwadru jew tpitter minn Mattia Preti jew minn skola tieghu. DIn il-lapida illum tinsab fil-kunvent. Ilfaccatta ta; l-altar ta' San Gilormu hija skopilta fil- gebel. Il-kwadru ta' fuq l-altar juri lil San Gilormu waqt it-talb. Mhux maghruf l-awtur ta' dan il-kwadru.
IL-KAPPELLA TA' SAN GWANN MINN SAGHUN
San Gwann twieled f' Saghun, f' Leon fis-sena 1430 minn familja ghonja. Kien bniedem ta' umilta' u sincerita' kbira. Hadem hafna fil-qasam tal-predikazzjoni, it-tiwrid tal- paci u l- ghaqda socjali. Din il- kappella hija mghammra minn latar ta' l-irham li rrestawrah il-marmista Aguis flimkien ma' l-artali ohrajn. Il-faccata ta' dan l-altar mhix inqas mis-shubija ta' l-ohrajn. Din il-faccata hija skolpita fil-gebel u ghandha zewg kolonni. Hija wkoll iddekorata bid- deheb zekkin. Il-kwadru ta' dan il-kappella juri lil San Gwann Sahgun imdawwar ma' xi qaddisin ohrajn fosthom Sant' Ursla u San Guliermu. Skond l-istudjuzi u kittieba fuq il-Mattia Preti jghidu li dan il-kwadru huwa wiehed mill-ahjar li hareg minn idejn il-Preti.
IL-KAPPELLA TAL-MADONNA TAC-CINTURA
L- ordni Agostinjan minn dejjem kellu devozzjoni kbira lejn il-Madonna taht diversi titli. L-aktar titlu antik kien dak tal-Madonna tac-CIntura. Hija tradizzjoni li dan it-titlu gej minn Santu Wistin u minn ommu Santa Monika, ghax Alla kien farrag tassew lill-ommu Santa Monika bil-konverzjoni ta' binha Santu Wistin. Titlu iehor li jinsab fl' istess kwadru ta' dan l-altar huwa dak tas-Sokkors. DIn id-devozzjoni bdiet mill- agostinjani ta' Palermo fi Sqallija kif ukoll dawk ta' Cartoceto, f' Pesaro. L-agostinjani ta' Sqallija giebu maghhom din id-devozzjoni lejn Malta. Dan il-kwadru tpitter mill-pittur Malti Stefano Erardi fis-sena 1637. Dan l-altar jissejjah ukoll l-altar tal-Madonna tal-Bon Kunsill ghax bhala sotto Kwadru hemm il-Madonna tal-Bon Kunsill. Dan il-kwadru pingieh Arrigo Reno, fl-1755.
Fost id-devoti nsinji ta' din il-Madonna taht it-titlu tal-Bon Kunsill, insibu lill-Beata Adeodata Pisani li kellha devozzjoni specjali lejn din il-Madonna meqjuma f' din il- knisja. Adeodata bbejatifikaha solannement il- Q.T. Il-Papa Gwanni Pawlu II fuq il- fosos tal-Furjana, misrah San Publiju nhar id-9 ta' Mejju 2001. Ta' min jghid ukoll li l-Beatu Gorg Preca bbeatifikat flimkien mal-Beata Adeodata u mal-Beatu Nazju Falzon kien devot hafna tal-Madonna taht it-titlu tal-Bon Kunsill. Ghall-bidu din il- kappella kienet bhall-ohrajn kif bniehom Gilormu Cassar. Is-saqaf kien cassettoni bhal ma hemm fil-kappelli l- ohrajn. Imma l-patrijiet xtaqu li jkun hemm aktar dawl ghalhekk fis-sena 1720 il-komunita' bdiet tmiss il-knisja ta' Gilormu Cassar bhal ma' l-Preti mess San Gwann.
IL-KAPPELLA TA' SAN ANTON ABBATI
Billi l-patrijiet agostinjani kienu eremit, kellhom devozzjoni lejn San Anton Abbati. Din id-devozzjoni lejn dan il-qaddis gejja anki mill-istess Santu Wistin. Wahda mill-kappelli li hawn fil-knisja tal-lum, it-tielet wahda mix-xellug, giet iddedikata lil San Anton Abbati.
Din il-kappella ghandha faccata mill-isbah, skolpita fil-gebla Maltija u bi kwadru sabih ta' l- istess qaddis. L-artist li ghamel dan l-inkwadru li hawn illum, ghax qablu kien hemm ohrajn, mhux maghruf. Din il-kappella saret fis-16 ta' Dicembru 1719 flimkien mal-kwadru ta' l-altar mill- flus tal-patrijiet. F' dan il-kwadru kien hemm il-figuri ta' San Tumas ta' Villanova, San Anton Abbati u Sant' Egilju Isqof, protettur tal-haddieda. Fid- 9 ta' Mejju ta' l-istess sena, il-Pirjol P. Vincenz Thuema f' Kapitlu Konventwali ppropona li fl-altar ta' San Anton isir kwadru gdid u anki ssir koppla minhabba li kien hemm nuqqas ta' dawl bhal l-altar tal-Madonna tac-CIntura u fil-fatt hekk sar.
Il-kappella ta' San Anton Abbati mal-milja taz- zmien kienet nizla. Kienet abbandunata. Il-fratellanza kienet kwazi spiccat, ghalhekk il-patrijiet irrangaw kif kien xieraq din il-kappella bil-flus taghhom.
IL-KOR U L-ALTAR TAL-KOR
Fi Frar tas-sena 1626 Salvu Attard mir-Rabat ghamel l-ewwel kor li kien qam 45 skud. Il-kor il-gdid ghamlu Guzeppi Galea li bdieh f' April tas-sena 1854. Huwa kor tassew sabih u jixraq lil din il-Knisja. Huwa mzejjen b' hafna skultura specjalment fil-panewijiet tieghu kif talbu l-patrijiet tal-komunita. 'Fil-bidu, fil-faccata tal-kor kien hemm tieqa tonda. Fis-16 ta' Mejju 1893, P. Girgor Vella ghamel progett tal-faccata tal-kor il-gdid, kif inhi llum, maghmul minn Gwann Galdes. Fis- sena ta' wara 1894 fix-xahar ta' Lulju tqeghdet.